Metode kumon pertama kali dikembangkan oleh Toru Kumon, seorang bangsa Jepang dan seorang guru matematika di Jepang pada tahun 1954. Ia pertama kali menyusun sendiri bahan pelajaran matematika untuk membimbing anaknya belajar matematika. Ia kemudian merancang suatu metode agar anaknya dapat belajar secara efektif, sistematis serta memiliki dasar-dasar matematika yang kuat. Setelah terbukti dengan keberhasilan yang dicapai anaknya maka Ia menyebarkan metode tersebut ke seluruh Jepang sehingga metode tersebut dikenal dengan metode kumon
Prinsip dasar metode kumon yang telah disebarluaskan ke Indonesia pada Oktober 1993 ini adalah pengakuan tentang potensi dan kemampuan individual setiap siswa, sesuai dengan misi metode kumon adalah dengan menggali potensi yang ada pada setiap individu dan dengan mengembangkan kemampuan tersebut secara maksimal, kami berusaha agar dapat membentuk manusia yang sehat dan berbakat yang dapat memberikan sumbangan yang berarti bagi masyarakat (kumon 2004:i)
Pada kursus kumon, siswa belajar dengan membaca petunjuk dan contoh soal pada lembar kerja, berfikir sandiri, lalu mengerjakan soal dengan kemampuan sendiri dan bila mengalami kesulitan untuk level F keatas bisa melihat buku penyelesaian yang diletakkan di depan kelas atau bertanya kepada guru bila masih belum paham. System belajar, bahan ajar, dan pembimbing kumon dibuat sedemikian rupa agar siswa dapat belajar secara mandiri. Pelajaran yang diberikan di kursus kumon, disesuaikan dengan kemampuan masing-masing siswa, bukan bardasarkan tingkatan kelas atau usia siswa. Agar siswa dapat mengerjakan pelajaranya dengan lancar dan mandiri, mereka perlu diberikan pelajaran yang tepat. Dengan system belajar ini, kemampuan setiap siswa dapat berkembang secara maksimal.
Rangkaian soal-soal pada lembar kerja kumon tersusun secara small steps, sehingga dapat leluasa disesuaikan dengan kemampuan belajar dan kemampuan siswa. Soal-soal tersebut disusun sedemikian rupa agar dapat membentuk kemampuan dasar yang mantap dan memungkinkan siswa mengerjakan level yang lebih tinggi dari tingkatan kelasnya dengan kemampuannya sendiri. Pembimbing selalu memperhatikan dan mengamati satu persatu siswa dengan baik, lalu memberikan lembar kerja dan pendekatan yang sesuai dengan kemampuan dan keadaan setiap individu siswa.
Sebelum siswa belajar di kursus kumon, mula-mula orang tua siswa menerima penjelasan dari pembimbing agar dapat memahami dengan baik system belajar di kumon. Bersamaan dengan hal tersebut, siswa diberi tes penempatan untuk mengetahui kemampiannya saat itu dan untuk menentukan level pelajaran yang tepat. Dari hasil tes tersebut pembimbing akan menyusun program belajar yang tepat sesuai kemampuan setiap siswa.
Siswa yang belajar di kelas kursus kumon belajar dalam seminggu dua kali. Siswa bebas datang jam berapa saja diantara jam buka kelas yang ditentukan. Di kelas, pembimbing akan mengamati apakah setiap siswa balajar pada tingkatan yang tepat dan memberikan petunjuk sesuai kemampuan masing-masing siswa. Di luar hari kelas, siswa akan mendapatkan lembar kerja untuk dikerjakan dirumah. Belajar sedikit demi sedikit, setiap hari secara rutin akan membentuk kemampuan yang baik. Pada kursus kumon, siswa memulai pelajarannya dari bagian yang dapat dikerjakannya dengan lancar untuk membentuk kemampuan dasar yang mantap. Siswa dapat maju ke pelajaran yang levelnya lebih tinggi dengan kemampunnya sendiri, setelah menyelasaikan level itu dengan benar.